马汴京主要研究方向为应用计量经济学、劳动经济学与发展经济学。独立或第一作者在《经济学（季刊）》《财贸经济》《财经研究》《青年研究》《浙江社会科学》《经济理论与经济管理》《北京大学教育评论》Journal of Happiness Studies等学术期刊发表论文10余篇；指导学生发表一级期刊论文多篇；论文获安子介国际贸易研究三等奖和商务部商务发展研究优秀奖。主持国家自然科学基金、教育部人文社科项目、中国博士后科学基金等多项课题，曾在牛津大学和台湾政治大学访学。