教授、博士生导师。研究领域为生物信息学和计算生物学,主要研究兴趣包括基于大数据的医学数据挖掘与分析、基因组与微生物组生物信息学方法和技术、基因组演化与生物进化、蛋白质分子动力学等问题。主持发展的微生物基因组分析与基因预测系列方法处于领先水平,并被应用于多项微生物基因组测序计划。近年来,致力于发展深度学习、人工智能方法,运用于二代/三代测序技术下的基因组学问题,在病原与病毒的微生物组学分析、人类基因组结构变异检测与疾病关联分析等完成了一系列原创性的工作,申请专利与软件著作权7项。生物信息学算法与工具的工作大部分在Bioinformatics、Nucleic Acids Res.、GPB、GigaScience、Nat. Machine Intelligence等重要刊物发表;近年来与临床医学实验室密切合作,在Gastroenterology、Clin. Gastroenterol. H.、Oxid. Med. Cell Longev.等临床领域重要刊物发表一系列的研究工作。2004年以来,共计发表SCI论文60余篇,其中JCR Q1分区论文30余篇,影响因子超10的论文5篇,研究结果被Cell、Nature、Nature Methods等正面引用或专门报道。
现任北京大学工学院党委副书记、北京大学教学指导委员会委员、北京大学信息与工程学部教学指导委员会委员、北京大学元培学院导师;主要学术兼职包括北京生物信息学研究会秘书长、中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、北京生物医学工程等学术期刊编委。在北大任教以来,已培养毕业博士生31人、毕业硕士生16人,并作为博士生导师先后获得了北京市优秀博士论文、北京大学优秀博士论文、全国优秀博士论文提名奖等。先后获得中国生物医学工程联合学术年会青年优秀论文奖(通讯作者)、中国生物医学工程大会青年优秀论文奖(通讯作者),以及北京大学首届教学优秀奖(研究生部分)、北京大学教学优秀奖、北大宝洁奖教金、北大方正优秀奖教金、埃克森-美孚北大奖教金、新奥教学责任教授。
工作经历
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赫尔辛基大学
芬兰基因组中心, 访问学者, 2007-09至2008-08
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北京大学
力学系, 讲师、副教授, 2003-01至2006-03
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北京大学
湍流国家重点实验室, 博士后, 2001-01至2002-12
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南昌飞机制造公司
飞机设计研究所, 设计员, 1992-07至1994-08
教育经历
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北京大学
流体力学, 博士, 1997-09至2000-12
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北京大学
流体力学, 硕士, 1994-09至1997-07
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华中科技大学
工程力学, 本科, 1988-09至1992-07