工学博士,教授,研究员,博士生导师,原第三军医大学生物信息学中心主任兼微生物学教研室副主任,生物信息学学科带头人,深圳市宝安区妇幼保健院妇幼医学研究所研究员、科教科主任。现为重庆大学附属中心医院临床数据研究中心主任、研究员。毕业于国防科技大学自动化学院模式识别与人工智能方向,擅长领域为生物信息学、数据挖掘和机器学习,当前研究方向为生物医学数据分析的新算法和新工具、复杂疾病分子标志物的发掘和应用、人体微生物组与复杂疾病,主持国家自然科学基金4项、其他省部级课题6项,作为技术骨干参与国家级科研项目8项,是国家“863”计划项目、国内首台“模块化、可重组智能机器人”的主要研制者之一(2002-2004),自2005年以来,一直从事生物信息学与机器学习领域的研究,近年来主要研究内容包括:肠道菌群在长期慢跑运动人群中的菌群结构特征和功能机制;口腔菌群与胰腺癌发生发展的关系;基于机器学习方法预测细菌分泌的效应分子;基于机器学习的快速血型判别算法;蛋白质-蛋白质相互作用预测和针对特定靶蛋白的小分子化合物虚拟筛选;基于高通量测序的遗传性肝病风险因子挖掘;先兆早产的风险标志物挖掘和早期风险预测算法研究等。在Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics等期刊发表研究论著68篇,其中SCI期刊收录52篇、EI核心收录8篇(其中第一作者和通讯作者SCI、EI论著35篇),开发T4EffPred等生物信息学软件3个、基于机器学习的生物信息学算法近20种,主持建设了第三军医大学本科生和研究生《基因组与生物信息学》系列课程、第三军医大学100万亿次生物信息学高性能计算平台,开展NGS数据分析、多组学数据整合挖掘、分子对接和小分子虚拟筛选、分子动力学模拟等在内的技术服务300多次,开发生物学数据库2个,获得发明专利2项,软件著作版权2项,申报发明专利3项,近年来作为主要完成人完成重庆市高等教育改革研究重大课题1项,获得校教学成果一等奖1项,参编国家卫计委“十一五”、“十二五”规划教材《生物信息学》,举办各类生物信息学培训班6次,2016年作为指导教师指导学生获得“国际遗传工程机器设计大赛”金奖。
工作经历
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重庆大学
附属中心医院, 研究员, 2022-04至现在
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暨南大学附属深圳市宝安区妇幼保健院
研究所, 研究员, 2018-08至2022-03
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暨南大学
医学部, 教授, 2018-07至2022-03
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中国人民解放军第三军医大学
生物信息学中心, 主任, 2015-10至2018-06
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中国人民解放军第三军医大学
基础医学院, 副教授, 2008-07至2018-06