从事植物内生真菌资源与多样性、木霉菌资源与多样性、内生真菌与植物互作机制、生物农药（肥料）研究开发。研究了疣粒野生稻内生真菌多样性和功能，发现野生稻与栽培水稻内生真菌区系有明显的差异，证明从野生稻根部分离的稻镰状瓶霉是一种典型的暗色有隔内生真菌。明确了稻镰状瓶霉在水稻根部的侵染过程和定殖模式，建立了稻镰状瓶霉、稻瘟病菌与水稻的互作模型，为共生真菌、病原真菌与寄主植物的互作机理研究开辟了新领域。对我国热带亚热带植物内生真菌资源与多样性进行了研究，建立了内生真菌资源库，发现紫杉木霉、稻镰状瓶霉、凤阳产气霉等内生真菌新种。对我国农田土壤的木霉菌资源与多样性进行了研究，发现木霉菌在农田土壤的分布规律，建立了农田土壤木霉菌资源库。研究了内生真菌和木霉菌促生、抗病和降低重金属等生物活性，进行了生物农药（肥料）的研究开发。