上海交通大学 生命科学技术学院 教授 博士生导师 生物信息与生物统计系副系主任 计算化学与分子生物信息学课题组组长 微生物代谢国家重点实验室骨干成员 兼职上海交通大学“科学工程计算”教育部重点实验室和系统医学研究院研究员及上海生物信息技术研究中心计算化学生物学课题组组长 <br><br>2012 年入选教育部新世纪优秀人才、2010年入选上海市浦江人次计划、 2009年“东方学者”特聘教授 <br><br>实验室主页(URL): http://cbb.sjtu.edu.cn/~yileizhao<br><br>近年来主要从事化学生物学领域的研究，特别是结构-活性关系和化学反应的分子机制。主要成果为：1）通过实验和计算揭示ROS、RNS生物自由基的形成及演变的复杂生化反应分子机理。相关论文发表在《JACS》( IF：9.0) 、《Analytical Chemistry》（IF: 5.8）、《JPCC》(IF: 4.5)、《Inorganic Chemistry》（IF: 4.3）等SCI期刊杂志上。其中有Peroxinitrite的构象依赖分解产生致命自由基NO2和OH的分子机制的《JPCA》论文（已被引47次）、一氧化氮在疏水环境双聚反应机理《JACS》、富氧条件下亚硝基硫醇（药物）的分解机制《JACS》、蛋白质翻译后修饰硫氮氧化中新型的硫氮氧生物自由基《JACS》、3-vinylmethylenecyclobutane的自由基异构化重排机理《JACS》、一氧化氮导致磷烷聚合反应《Inorganic Chemistry》、香烟中短寿命的碳自由的计算和实验表征《Analytic Chemistry》、金表面硫醇和双硫醇修饰《JPCC》、吲哚的自由基合成反应机理《JACS》、硫砜橡胶的自由基分解反应机理《Macromolecules》等一系列近20篇学术论文，较系统研究了自由基、中间体和过渡态的计算化学生物学算法、应用和验证，为进一步研究复杂生物体系如酶催化氧化反应、蛋白质巯基亚硝化修饰、谷胱甘化、酪氨酸硝基化等生化反应和分子识别提供了研究基础。 2）提出以重复单元结构分析生物高分子的各种Foldamer在蛋白质和核酸高级结构形成中的耦合作用。相关论文先后发表在《ACR》（影响因子IF：21.8）、《JACS》( IF：9.0)、《JPCC》(IF: 4.5)、《PLoS One》等国际主流杂志上。其中关于天然蛋白质二级结构的电耦合现象的多篇包括《JACS》的论文（被引88、63次，以2012年6月为统计节点，下同），已被《Biopolymer》、《Peptide Solvation and H-Bonds: Advances in Protein Chemsitry》、《Chemical Review》等书籍和综述中引用为天然蛋白质高级结构计算范例。近来利用单元结构打分方法研究了DNA硫修饰中的R手性构型对DNA螺旋性的影响，发现了生物系统里专有的Rp-手性硫磷酰化导致B型双螺旋的磷酸单元骨架相对能量升高2到3千卡/摩尔，审稿人指出“ the scope of the study is very interesting, QM studies of NA backbone are relatively rare (as they are difficult) and valuable.”（译文：这一类研究是非常有意思的，对于核酸骨架的量子力学研究是相对少见的（因为难度很高）并有价值的）。<br><br>最近主持的科研项目： <br>1）“酶分子规模化改造计算设计关键技术研究及应用”科技部863计划　项目编号：2012AA020403，2012-2015，357万元，负责子课题四 <br>2）"漆酶介体体系(LMS)中活性物质的形成与演化分子机理"国家自然科学基金面上项目，项目编号21377085， 2014-2017， 82万元<br>3）“HSC遗传和表观遗传规律的生物信息学研究及验证”科技部973计划 项目编号： 2013CB966802, 2013-2016， 子任务负责人