朱朝东博士以膜翅目昆虫为研究对象，主要开展经典分类学、分子分类学和分子系统学研究。申请人已在我国及周边国家进行野外考察30余次，系统采集各类膜翅目昆虫标本15余万号；至今共发现并描记80个新物种、16个新纪录属、60个中国新纪录物种。已发表研究论文160余篇（近5年70余篇），期刊包括进化生物学、动物学等领域重要国际刊物如Systematic Biology、Methods in Ecology and Evolution、BMC Genomics、BMC Evolutionary Biology、Molecular Phylogenetics and Evolution、Zoological Scripta、Zootaxa等，取得了系列研究进展。<br>      他基于在姬小蜂亚科昆虫（膜翅目：小蜂总科）形态与分类学方面取得的成绩，获得第六届周尧昆虫分类学基金会二等奖（2002年）；基于在分子分类、分子系统学和分类学虚拟实验室方面的进展，获得中国昆虫学会第四届青年科学技术奖（2009年）。主持了中国科学技术部生物安全重点研发专项（课题）、国家自然科学基金面上项目、中国科学院知识创新工程方向项目、国家公益性行业（农业）科研专项经费项目子课题、北京市自然科学基金委重点项目（共同主持）等。现任中国科学院动物进化与系统学重点实验室副主任，兼任中国昆虫学会常务理事、传粉昆虫专业委员会主任、北京昆虫学会理事、北京生态学会理事等。