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摘要
为了探究肠道菌群对SPF鸡的作用，试验采用广谱抗生素(ABX)鸡尾酒法构建肠道菌群削减SPF鸡模型(ABX鸡),并以SPF鸡为对照，应用微生物组测序技术分析鸡肠道菌群变化情况，转录组测序技术分析鸡回肠和气管差异基因表达情况，同时评估肠道菌群对鸡体重和Ⅰ型干扰素(IFN-Ⅰ)表达的影响，并通过计算Spearman相关系数分析肠道微生物组变化与SPF鸡转录组变化之间的功能相关性。结果表明：与SPF鸡相比，ABX鸡肠道菌群的物种多样性和丰度明显降低；从ABX鸡肠组织共获得156个差异表达基因，其中79个基因上调表达，77个基因下调表达；从气管组织共获得779个差异表达基因，其中176个基因上调表达，603个基因下调表达。气管组织共比对到3 152个GO功能条目，回肠组织共对比到1 202个GO功能条目。气管组织转录组显著富集的KEGG信号通路分别为补体和凝血级联、金黄色葡萄球菌感染、类风湿关节炎、自身免疫性甲状腺疾病，回肠组织转录组显著富集的KEGG信号通路分别为Ⅰ型糖尿病、类固醇生物合成、移植物抗宿主病、同种异体排斥等。从广谱抗生素处理的第11天开始，ABX鸡和SPF鸡的体重差异显著(P<0.05)。与SPF鸡相比，ABX鸡脾脏组织中干扰素-α(IFN-α)、干扰素-β(IFN-β)相对表达量显著降低(P<0.05)。与免疫相关的基因MHCI-Y、MHC-F10、DOCK3、MB和DNAJC22在ABX鸡中明显减少，与克雷伯氏杆菌属呈负相关，与乳杆菌属呈正相关。说明肠道菌群对SPF鸡差异表达基因、体重和IFN-Ⅰ表达均具有重要的调节作用。
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