近年来,因分子标记技术具有快速、高效等诸多优点而成为新型遗传学研究的工具,进而成为广大学者研究的热点,在荔枝和龙眼的亲缘关系、DNA遗传图谱构建、真假杂种鉴别、QTL定位等方面得到广泛应用。对近年来分子标记在荔枝和龙眼上的研究进行概述,并对存在问题和应用前景进行讨论,以期为分子标记在荔枝、龙眼相关领域的进一步研究提供理论及实践参考。