基于TCGA数据库探索KDM5c通过影响RNA m6A修饰调控结肠癌预后机制

作者：林海珊; 尚昆; 曹邦伟^*

来源：临床和实验医学杂志, 2022, 21(15): 1585-1588.

• 结肠腺癌
• RNA m6A修饰
• 预后

目的 通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠腺癌(COAD)转录组数据进行分析,区别KDM5c高低表达组结肠癌预后区别及两组差异基因分析探索可能影响预后的机制。方法 从TCGA数据库中下载COAD的转录组数据,以KDM5c mRNA水平中位数界,分为KDM5c高低表达组,进行生产分析,利用R语言edge R包筛选出差异基因后,对差异基因进行GESA分析及RNA m6A相关蛋白分析。结果 与癌旁组织相比,KDM5c高表达于结肠腺癌组织中,且Logistics回归分析发现KDM5c高表达结肠腺癌好发与KDM5c在多结肠腺瘤转化所致结肠癌、女性肠癌、腺癌类型肠癌以及右半结肠癌,KDM5c影响结肠癌5年生存率。同时KDM5c差异表达基因上调多种促癌基因,且KDM5c差异表达影响11种RNA m6A蛋白表达,其中可能通过影响METTL14基因CpG岛甲基化下调其表达。结论 KDM5c可能通过影响RNA m6A相关蛋白表达影响结肠腺癌预后。

• 单位
  首都医科大学附属北京友谊医院