籽粒苋叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：冯瑞云; 梅超; 王慧杰; 雷梦林; 田翔; 侯雅静

来源：中国草地学报, 2019, 41(04): 8-15.

DOI：10.16742/j.zgcdxb.20180227

• 籽粒苋
• 叶绿体
• 密码子偏好性
• 最优密码子

对筛选出的47条籽粒苋叶绿体基因组蛋白编码序列的密码子使用偏性特征进行分析,结果发现:籽粒苋叶绿体基因组密码子第3位碱基GC的含量较低,为27.31%,即第3位密码子富含A和U;有效密码子数(ENC)值在35.25～61.00之间,基因组中多数蛋白编码序列的密码子使用偏好性偏弱。相对同义密码子使用度(RSCU)分析表明,有29个密码子的RSCU>1,其中密码子第3位碱基以A、U结尾有24个,表明密码子的第3位碱基使用偏好于A和U。中性分析发现,GC3与GC12相关性显著,回归曲线斜率为0.403,表明突变对密码子偏性有极大影响;ENC-plot分析发现,大部分基因落在标准曲线及其附近,表明自然选择也一定程度上影响了密码子偏性。进一步的对应性分析发现,第一轴显示了22.98%的差异,为主要影响因素,其与ENC值的相关性达到显著水平,但与GC3、CBI、GCall相关性不显著。综合分析表明,突变是影响籽粒苋叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素,但其他因素也可能有一定影响;UUU、UUA、UCU等24个密码子为最优密码子。

• 单位
  农业部; 山西省农业科学院农作物品种资源研究所; 山西省农业科学院作物科学研究所