基因表达与肝癌术后复发的关联分析

作者：罗清; 王娜^*; 邓传怀; 韩泽广

来源：基因组学与应用生物学, 2020, 39(12): 5837-5843.

DOI：10.13417/j.gab.039.005837

• 肝癌
• TCGA
• 生存分析
• 术后复发

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)是世界第六大恶性肿瘤,术后复发和转移仍然是制约肝癌患者生存的一个重大难题。美国的癌症基因图谱(the cancer genome atlas, TCGA)计划可用于癌症组学与临床数据的整合分析。本研究选择对TCGA中的374例肝癌以及50例肝脏组织的RNA sequencing (RNA-Seq,RNA测序)数据进行差异表达基因和基因集富集分析,得到了肿瘤组织中的7 426个表达上调基因以及1 546个表达下调基因,并发现肿瘤组织具有特征性细胞周期通路上调以及代谢相关通路下调。将差异表达基因与患者术后复发时间进行关联分析,获得了与术后复发具有弱相关的7个基因。通过对这7个基因在肿瘤组织中的共表达分析及基因网络构建,筛选出其中的5个高度相关基因作为基因集,它们分别是:TTG1、KIF2C、SKA3、CENPH以及MYBL2。这5个基因均与染色体复制、细胞周期功能密切相关。在对肿瘤组织基因表达谱进行z-score标准化后,基于这5个基因的表达总量,本研究对TCGA肝癌患者进行了生存分析。结果发现这个基因集具有良好的总生存期以及术后复发的预后效果,且其预后性明显优于单个基因。因此,该基因集可作为一个潜在的肝癌复发预后性生物标志物及治疗靶点。

• 单位
  上海交通大学