基于苦荞全长转录组测序开发SSR标记及遗传多样性分析

作者：杜伟; 王东航; 侯思宇; 韩渊怀; 李红英; 刘龙龙; 马名川; 王俊珍; 孙朝霞^*

来源：植物生理学报, 2020, 56(07): 1432-1444.

DOI：10.13592/j.cnki.ppj.2020.0110

• 三代测序
• SSR标记
• 群体结构
• 遗传多样性

简单重复序列(SSR)标记以其高效、可重复和近缘物种高效利用率的优点成为遗传多样性及分子育种研究利用的主要技术手段。苦荞(Fagopyrum tataricum)作为重要的杂粮作物,其分子标记研究也受到了关注。本试验以苦荞‘黑丰1号’籽粒为材料,利用三代测序技术进行转录组测序,基于Perl程序批处理方法筛选SSR位点并开发SSR标记,结果表明:转录组测序共获得15 592条高质量去冗余序列,共鉴定出1 107个SSR位点;按其在染色体中均匀分布原则设计132对genic-SSR引物,其中11对引物具有多态性,多态信息含量(PIC)在0.14～0.60之间;群体结构和聚类分析表明, 123份苦荞种质被划分为2个亚群。上述结果拟为有效利用转录组数据、充分挖掘有效SSR标记,以及苦荞分子标记辅助育种提供理论和实践参考。

• 单位
  凉山州西昌农业科学研究所; 山西农业大学; 山西省农业科学院农作物品种资源研究所