基于16S rDNA分析湖北半夏内生菌群结构及代谢功能

作者：王帆帆; 唐涛; 郭杰; 段媛媛; 郭晓亮; 游景茂^*

来源：湖北农业科学, 2021, 60(23): 172-176.

DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2021.23.038

• 半夏(Pinellia ternate)
• 内生细菌
• 多样性
• 菌群功能

为探究湖北半夏(Pinellia ternate)内生细菌的多样性、丰度及菌群功能,随机采集半夏植株样品,提取内生细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rDNA V3～V4片段。采用IlluminaMiSeq高通量测序技术分析半夏植株中的内生细菌菌群结构,共获得有效序列39 537条和用于物种分类的OTU数681条,包括6门、10纲、23目、29科、45属、26种的细菌。菌落多样性分析表明,湖北半夏内生细菌在门水平上,优势菌群为Proteobacteria,科水平上,Mitochondria和Pseudomonadaceae为优势菌群。功能预测结果表明,湖北半夏内生细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息处理、环境信息处理。

• 单位
  湖北省农业科学院中药材研究所