缺血性脑卒中差异表达基因筛选、功能富集与相关信号通路生物信息学分析

作者：武金燕

来源：医学理论与实践, 2022, 35(15): 2636-2639.

DOI：10.19381/j.issn.1001-7585.2022.15.048

• 缺血性脑卒中
• 生物信息
• 差异表达
• 信号通路

目的：探寻缺血性脑卒中(IS)差异表达基因及其相关功能和信号通路。方法：GEO数据库中选取IS患者与正常人群外周血中差异表达基因谱数据，并对差异表达基因进行筛选。对筛选出的差异基因进行聚类，并进行KEGG和蛋白相互作用网络(PPI)分析。结果：三个IS差异表达数据集GSE22255、GSE98319和GSE66724中IS患者和正常对照人群差异表达基因分别为30个、196个和13个。其中共差异表达基因3个分别为STAT3、MMP9和SOCS3。STAT3、MMP9和SOCS3等差异表达基因在缺血性脑卒中组聚类明显；STAT3、MMP9和SOCS3基因编码蛋白拓扑网络富集明显(P<0.05);功能分析，STAT3、MMP9和SOCS3等蛋白主要富集于细胞质、Cul5-RING泛素连接酶复合物等；生物学功能主要富集于蛋白结合、非膜跨越蛋白酪氨酸激酶活性、RNA聚合酶ii特异性DNA结合转录因子结合等；分子功能主要富集于细胞表面受体信号通路、白细胞介素-6的细胞反应和细胞对氧化应激的反应等；STAT3、MMP9和SOCS3基因信号通路为Jak-STAT信号通路、凋亡通路和MAPK。结论：STAT3、MMP9和SOCS3可能与IS发生有关，并有望成为IS预防和治疗的新靶点。

• 单位
  神经内科; 天津医科大学