基于不等长引物等位特异性PCR的SNP检测方法

作者：陈露露; 黄光元; 张丹丹; 夏志辉^*

来源：分子植物育种, 2019, 17(13): 4295-4301.

DOI：10.13271/j.mpb.017.004295

• SNP
• 分子标记
• 不等长引物等位特异性PCR

为开发一种便捷的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)的检测方法,本研究以水稻的6种SNP变异形式(A/T, A/G, A/C, T/G, T/C, G/C)为研究对象,在下游引物为共用引物的情况下,首先设计两条长度相差20个核苷酸但3’末端分别与SNP两个等位差异碱基配对的常规上游引物。另外我们还评估在两条上游引物3’端的第2位或第3位碱基引入了错配碱基后观察对特异性的影响。结果表明,经3%的琼脂糖凝胶电泳后,不等长引物等位特异性PCR能区分不同的纯合子及杂合子,未引入错配碱基的引物只检测出A/T,C/G变异类型的SNP;而引物中引入错配碱基的等位PCR具有更高的检出效率,能检测出6种类型中的5种SNP。因此,本研究开发了一种成本低、操作简单、准确度高的SNP检测方法。

• 单位
  海南大学