CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价

作者：梁文娟; 崔聪聪; 段广才^*; 刘慧莹; 徐亚珂; 郗园林; 杨海燕; 陈帅印

来源：中华流行病学杂志, 2018, 39(12): 1607-1610.

• 大肠埃希菌
• 志贺菌
• 成簇规律间隔的短回文重复序列
• 侧翼序列
• 鉴定

目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated, cas), 并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500 bp侧翼序列, 使用Clustal X进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列, 以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。结果 73.4%(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统, 包含了A、B1、D种系;8.4%(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%(35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas, 这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61 bp侧翼序列, 序列一致性为99%, 且有种属特异性, PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。结论基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌, 且具有很好的效果。

• 单位
  公共卫生学院; 新乡医学院; 郑州大学