理论的不同主要是对作为哲学基本问题的形神问题的看法不同造成的。如果承认形体与精神都可以作为系统方式存在，那么，就应承认形体与精神都是自组织的。如果作为哲学基本问题的形体与精神不是自组织的，那么自组织哲学就会由于缺少相应的理论硬核而很难真正建立起来。只有作为理论核心的形体与精神都是自组织的，自组织哲学才会由于有自己的哲学基本问题而成为逻辑严谨的理论。
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