理论上说,市场分割将影响创新要素的跨区域流动,进而影响地区自主创新能力。文章尝试构建创新要素流动的空间权重矩阵,采用1994—2019年中国省际面板数据验证市场分割与自主创新能力的关系。研究发现,财政分权体制下地方政府实施市场分割并不会以牺牲本地自主创新能力为代价,地方政府为创新而竞争存在时空异质性,区域内相邻地区的协同创新效应明显强于区域间相邻地区。研究结论有助于各级政府找准提升自主创新能力的着力点,推动区域创新协调发展。