基于肿瘤干性相关基因的肾癌预后模型的构建

作者：江爱民; 王安邦; 顾迪; 董凯; 富智斌; 吴震杰; 刘冰; 王林辉^*

来源：第二军医大学学报, 2021, 42(11): 1231-1237.

DOI：10.16781/j.0258-879x.2021.11.1231

• 肾肿瘤
• 肿瘤干细胞
• 数据库
• 趋化因子CX3CL1
• 预后

目的通过挖掘基因表达汇编(GEO)数据库中肾癌干细胞芯片数据,寻找肾癌细胞干性标志物,并联合癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的肾癌临床及转录组数据构建一种评估肾癌预后的模型。方法从GEO数据库GSE48550数据集中下载芯片数据,筛选肾癌干细胞和正常肾小管上皮细胞之间的差异表达基因,通过基因本体(GO)和基因集富集分析进行功能及通路分析,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建确定肾癌干细胞核心基因。从TCGA数据库下载肾癌患者年龄、临床分期、预后情况及相关基因的表达水平,通过单因素及多因素Cox回归分析筛选肾癌预后的独立危险因素,构建预测肾癌患者总生存期的列线图模型。结果通过分析肾癌干细胞和正常肾小管上皮细胞的芯片数据,发现差异表达基因富集在细胞趋化、细胞外基质形成及受体配体活性等模块,炎症反应通路、P53通路及TNF-α/NF-κB通路在肾癌干细胞中显著激活。单因素及多因素Cox回归分析结果表明,年龄、临床分期为肾癌预后的独立危险因素,趋化因子家族中的C-X3-C基序趋化因子配体1(CX3CL1)是肾癌预后的独立保护因素。通过评估模型区分度,发现基于年龄、临床分期及CX3CL1表达水平的风险模型可准确预测肾癌患者总体生存率,其中C指数为达到0.803。结论通过GEO和TCGA数据库联合分析筛选肾癌干性相关基因,构建了一种联合患者年龄、临床分期及CX3CL1表达水平的新模型,新模型可用于评估肾癌患者预后。

• 单位
  中国人民解放军第二军医大学; 长征医院; 长海医院