人H7N9流感病毒密码子偏爱性及聚类分析

作者：魏雪玲; 田明明; 刘奇^*

来源：中国病原生物学杂志, 2019, 14(08): 879-885.

DOI：10.13350/j.cjpb.190804

• 人
• H7N9
• 密码子偏性
• 突变

目的分析2013年以来人H7N9流感病毒密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于此分析人H7N9流感病毒之间的进化关系。方法以人H7N9流感病毒的12条蛋白的编码序列为材料,利用CUSP、CodonW、Sigma plot和SPSS等软件对其密码子偏爱性进行统计分析。结果人H7N9流感病毒的各蛋白编码序列的ENC值在47.75-57.37之间,RSCU>1且以A/U结尾的密码子占66.6%。中性绘图、ENC绘图及PR2奇偶绘图分析表明,密码子的偏爱性主要受自然选择的影响。基于密码子偏爱性的聚类分析显示,人H7N9流感病毒的HA、NA、M、PB2、NP等密码子的偏爱性在2016或2017年后发生了较大改变。结论人H7N9偏爱使用A/U结尾的密码子,其偏爱性主要受自然选择压力的影响。2016年以来多种蛋白的密码子偏爱性陆续发生变化,因此需进一步加强对人H7N9流感病毒的监控。

• 单位
  大理大学; 基础医学院