基于TCGA数据库挖掘胰腺癌预后相关甲基化位点

作者：时国东; 陈群; 胡青桥; 卢诚; 袁昊; 孟令东; 黄徐敏; 陆怡超; 沈鹏; 张奕晗; 张凯; 张静静; 苗毅; 蒋奎荣

来源：南京医科大学学报(自然科学版), 2020, 40(08): 1135-1139+1162.

• 胰腺导管腺癌
• TCGA
• 甲基化
• m RNA
• 预后

目的:通过对肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库内胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adrenocarcinoma,PDAC)相关数据的研究,从全基因组水平发现影响PDAC预后的甲基化位点及基因。方法:从TCGA网站下载2016年1月28日更新版本的有关PDAC的临床数据、甲基化数据(基于Illumina Methylation 450芯片)及转录组数据(基于Illumina Hiseq测序)。纳入兼具预后数据和甲基化数据的患者179例,应用Cox比例风险模型分析每个位点甲基化水平与PDAC患者总体生存率的关系。进一步纳入兼有甲基化数据及转录组数据的患者173例,分析甲基化水平与对应mRNA表达水平的关系。最后分析mRNA表达水平与PDAC患者总体生存率的关系。结果:用于甲基化预后分析的179例患者年龄为(64.64±10.96)岁,用于相关性分析和m RNA预后分析的173例患者年龄为(64.46±10.91)岁,两者中位生存时间均为20.1个月。本研究发现的与PDAC预后关系最显著的前20个甲基化位点中,11个位点的高甲基化水平为PDAC预后的危险因素,9个为保护因素。位于ZNF438基因5′UTR区的cg01656216探针靶向的位点与PDAC预后相关最显著(HR=0.37,95%CI:0.24～0.56,P=4.11×10-6)。进一步发现8个位点甲基化水平与相应mRNA表达水平呈负相关(r<-0.3,P <0.05),其中PKP3(cg20268054)和EFNB2(cg22179913)的m RNA表达水平还与预后有关(HR=1.66,95%CI:1.06～2.61,P=0.027;HR=1.86,95%CI:1.21～2.88,P=0.005)。结论:通过对TCGA数据库PDAC样本的分析发现,PKP3和EFNB2基因的甲基化水平与PDAC预后相关,可进一步发掘其作为PDAC预后相关生物标志物的潜能。

• 单位
  南京医科大学第一附属医院; 南京同仁医院