海南短指软珊瑚全基因组测序初步分析

作者：王沛政; 李卫东^*

来源：海南热带海洋学院学报, 2020, 27(02): 1-26.

DOI：10.13307/j.issn.2096-3122.2020.02.01

• 基因组测序
• Sinularia软珊瑚
• 基因

以Sinularia软珊瑚为研究对象,用Covaris超声波破碎仪随机将其DNA样品打断成长度为350 bp的片段,构建好的文库通过Illumina Nova Seq进行PE测序.结果表明:软珊瑚Sinularia ceramensis Verseveldt基因组大小为649. 58 Mbp,杂合率为1. 25%,重复序列比例为57. 06%.采用kmer=43进行初步组装,得到contig N50为836 bp,总长为586. 07 Mbp,scaffold N50为1 044 bp,总长为599. 11 Mbp.结果显示,Sinularia ceramensis Verseveldt的基因组为1个复杂的基因组,需要采用相应的策略进行基因组组装.

• 单位
  海南热带海洋学院