金钱鱼基因组微卫星分布特征分析及多态性标记开发

作者：王耀嵘; 杨尉; 任席林; 江东能; 邓思平; 陈华谱; 朱春华; 李广丽^*

来源：广东海洋大学学报, 2020, 40(04): 7-14.

• 金钱鱼
• 基因组survey测序
• 微卫星
• 标记开发

【目的】研究金钱鱼(Scatophagus argus)全基因组微卫星分布特征,筛选高多态性微卫星(SSR)标记。【方法】利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行筛选并分析分布特征,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点。【结果与结论】金钱鱼基因组总共挖掘390967个SSR位点,相对丰度为653个/Mb。二碱基重复类型最多(52.64%),微卫星标记整体偏向A+T碱基组合。筛选出23对多态性标记位点,其中7对的等位基因数为4～11,期望杂合度为0.431～0.859,观测杂合度0.417～0.861,多态性含量为0.389～0.830。经Bonferroni校正后,5个位点符合哈德温伯格平衡,且位点间不存在连锁不平衡现象。

• 单位
  广东海洋大学; 阳江职业技术学院