应用单基因组扩增法分析HIV-1准种基因变异

作者：秦彦珉; 王晓辉; 孔东锋; 张顺祥

来源：中华预防医学杂志, 2014, 48(09): 819-822.

DOI：10.3760/cma.j.issn.0253-9624.2014.09.015

• HIV
• 基因扩增
• 准种
• 有限稀释法

目的探索应用单基因组扩增分析HIV-1准种基因变异。方法将深圳2010年6个基因测序出现重叠峰的样本RNA稀释至单拷贝,采用一步法RT-PCR套式扩增,扩增产物纯化后进行基因测序,应用Mega 4.02多功能基因分析软件分析不同准种序列的基因距离,构建进化树模型。同时,测定样本的CD4+T淋巴细胞浓度和病毒载量。结果同一感染者体内HIV-1准种在进化树上形成了各自独立的簇,有些簇存在明显的亚簇,表明某些病毒株在复制中具有竞争优势。6个样本HIV准种的基因距离介于0.008与0.06之间,与感染持续时间和病毒载量有关。结论单基因组扩增法可以很好地分辨出HIV-1准种的基因变异,对于HIV-1准种基因距离的分析可以判断感染时间和分析免疫逃逸机制,其相关影响因素尚需更大样本的分析。

• 单位
  深圳市疾病预防控制中心