肩袖腱病环状RNA表达特征与内源竞争RNA调控网络构建的研究

作者：葛子路; 周兵华; 郑小龙; 杨明宇; 吕晶同; 邓泓鄗; 唐康来^*; 陈万^*

来源：中国修复重建外科杂志, 2020, 34(05): 608-614.

• 肩袖腱病
• 环状RNA
• 表达谱
• 高通量测序
• 内源竞争RNA

目的探究肩袖腱病中差异表达的环状RNA(circular RNA,circRNA)及其调控靶基因的预测和生物信息学分析。方法取2018年6月—2019年6月因冈上肌腱损伤行手术治疗的10例患者自愿捐赠肩袖组织,经MRI、关节镜检查以及组织学染色,确定为正常肩袖或肩袖腱病组织,再依据患者年龄、体质量以及Bonar评分进行配对分组。通过高通量测序对肩袖组织进行circRNA检测,筛选差异表达的circRNA,对circRNA靶基因进行预测,并进行富集分析和内源竞争RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络构建。结果在P<0.05、log2差异表达倍数(fold change,FC)绝对值>2条件下,共筛选出94条在正常肩袖及肩袖腱病组织中差异表达的circRNA,其中肩袖腱病组织中有31条表达上调、63条表达下调。基因本体(gene ontology,GO)分析发现差异基因最显著富集于环磷酸腺苷应答;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现,差异基因主要富集在细胞外基质-受体交互、蛋白消化及吸收、细胞循环、NF-κB信号通路等。ceRNA网络揭示了差异表达的circRNA和miRNA、mRNA之间可能的相互作用,其中自由能最高的ceRNA调控轴为circRNA.8951-has-miR-6089-DNMT3B。结论肩袖腱病中存在差异表达的circRNA,可能与肩袖腱病发生发展密切相关,有望为临床诊断、治疗提供潜在靶点。

• 单位
  中国人民解放军陆军军医大学; 第一附属医院骨科