高通量测序鉴定中间锦鸡儿干旱条件下的microRNA

作者：苏雨萌; 张旭婷; 特日格乐; 田敏; 尚晓蕊; 李国婧; 王瑞刚^*

来源：中国农业科技导报, 2021, 23(03): 51-57.

DOI：10.13304/j.nykjdb.2019.0805

• 中间锦鸡儿
• 干旱胁迫
• microRNA
• 高通量测序
• 靶基因预测

中间锦鸡儿分布于干旱和半干旱地区,适应干旱和高温逆境环境,被广泛应用于固沙和水土保持,具有很高的生态价值。microRNA是一类非编码RNA,广泛分布于植物体内,参与干旱、盐、低温等多种胁迫响应。为了鉴定中间锦鸡儿中抗旱相关的miRNA,构建了干旱条件的small RNA文库,通过高通量测序和生物信息学分析,共鉴定得到116个miRNA,88个保守的miRNA属于33个已知miRNA家族和28个新miRNA,差异表达的miRNA中,cin-miR164a、cin-miR164b、cin-miR168a、cin-miR168b在三个干旱处理时间下调表达,cin-novel-3、cin-novel-11、cin-novel-21在干旱处理1和3 h上调表达,cin-novel-26在干旱处理3 h特异表达;28个新miRNA通过psRNATarget在中间锦鸡儿中预测到582个靶基因,在拟南芥中预测到212个靶基因,大多数靶基因参与干旱胁迫响应。这些为后续研究中间锦鸡儿miRNA响应干旱胁迫奠定了基础。

• 单位
  内蒙古农业大学; 生命科学学院