摘要
通过高通量测序技术获取白鲜(Dictamnus dasycarpus Turcz.)叶绿体全基因组序列,并采用生物信息学方法对其结构特征和系统发育关系进行了分析。结果显示,白鲜叶绿体基因组具有典型的环状四分体结构,总长度为157 139 bp,大单拷贝区和小单拷贝区长度分别为84 478 bp和18 587 bp,一对反向重复序列长度为27 037 bp,总GC含量为38.5%。共注释到132个基因,包括87个蛋白编码基因(PCGs)、8个rRNA和37个tRNA基因。计算相对同义密码子使用频率(RSCU),发现编码最多的密码子是亮氨酸(Leu/L),编码最少的密码子是半胱氨酸(Cys/C),RSCU值大于1的密码子有32个。白鲜叶绿体基因组共包含61个简单重复序列。通过对芸香科8种植物的叶绿体基因组结构进行比较,发现白鲜属与其他属的叶绿体基因组结构基本一致,并未发生重排和倒位现象。系统进化树分析结果表明,白鲜与臭常山(Orixa japonica Thunb.)的亲缘关系最近。
- 单位