柔毛郁金香叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：秦斗文; 徐庭亮; 闫京艳; 巨秀婷^*

来源：江苏农业科学, 2023, 51(22): 41-47.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2023.22.006

• 柔毛郁金香
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

阐明柔毛郁金香(Tulipa buhseana)叶绿体基因组密码子使用模式，丰富野生郁金香种质资源的遗传背景信息。以柔毛郁金香的53条蛋白编码序列(CDS)为研究对象，结合Codon W、EMBOSS在线软件及R语言，计算密码子数量、有效密码子数、GC含量，并通过中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析的多元统计，对密码子使用偏好模式进行预测并筛选最优密码子。柔毛郁金香叶绿体基因组53条CDS的平均GC含量为37.21%,不同位置的GC含量为GC1(45.5%)>GC2(37.85%)>GC3(28.27%),表明柔毛郁金香叶绿体基因组的密码子第3位碱基组成多为A和T。多元统计分析表明，柔毛郁金香叶绿体基因组的密码子偏好性主要受自然选择的影响，并筛选到17个最优密码子同时满足高频率密码子和高表达优越密码子的条件。柔毛郁金香叶绿体基因组的密码子偏性较弱，均以A或U结尾，自然选择是影响密码子偏性的主要因素。研究结果可为后续开展郁金香叶绿体基因工程、野生郁金香种群演化及系统分类以及发育研究奠定基础。

• 单位
  青海大学农牧学院