高校财政专项经费作为基本经费的有效补充,在服务学校发展建设中发挥了重要的资金保障作用,但由于管理制度不够健全、预算绩效管理不够深入等原因,专项经费管理也存在一些问题,文章浅析了专项经费管理存在的问题并提出了应对措施。