含有blaOXA-48基因BL21(DE3)菌株的转录组测序与分析

作者：潘亚菲; 康宇婷; 刘文淼; 贾伟; 李刚^*

来源：中国病原生物学杂志, 2023, 18(08): 917-926.

DOI：10.13350/j.cjpb.230809

• 碳青霉烯类肠杆菌科细菌
• 细菌耐药性
• 转录组

目的 了解含有blaOXA-48基因的BL21(DE3)菌株其细菌转录谱的变化，探究blaOXA-48基因的引入对BL21(DE3)菌株代谢及耐药性的影响。方法 采用高通量转录组测序的RNA-seq技术对pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)与pET32a(+)-BL21(DE3)及OXA-48菌株进行检测，测序数据处理后获得表达差异基因，差异表达基因的筛选阈值为：|log2(FoldChange)|>1且qvalue<0.005。对差异表达基因进行聚类分析，利用GO数据库和KEGG数据库对表达差异基因进行注释与富集性分析，筛选部分差异表达关键基因进行分类整理。结果 pET32a(+)-OXA-48-BL21(DE3)与pET32a(+)-BL21(DE3)相比有1 201个差异表达基因，其中上调592个，下调609个；GO分析表明，代谢过程、生物合成过程、分子功能、催化活性、离子结合等途径共同参与OXA-48菌株的生物过程。KEGG富集分析表明差异基因主要与碳代谢、不同环境中的微生物代谢、抗生素的生物合成、嘌呤代谢、次生代谢物的生物合成等有关。对差异表达关键基因进行整理分析，与耐药性、生物膜形成、及脂多糖合成代谢相关的差异基因有acrA、acrB、ompF、pedR、mcbR和LptD等。结论 blaOXA-48在BL21(DE3)菌株中的表达能调控多种与细菌耐药性及代谢相关基因的表达，这为研究耐药基因对于肠杆菌科细菌产生的影响奠定了基础，可为OXA-48菌株的流行病学监测及其感染的预防控制提供参考。

• 单位
  宁夏医科大学总医院; 宁夏临床病原微生物重点实验室