中古时期,十二神王与十二大愿在药师信仰中的呈现基本上是经典之展开。北宋以后,中国僧人著述《佛说消灾延寿药师灌顶章句仪》,该科仪被明代以来云南阿吒力僧习用。科仪相应内容与经典本身相比发生了变化,如十二神王与十二大愿、十二菩萨相应;十二神王对治六根之罪、杀生之罪、贪爱之罪、十恶五逆之罪,以及抛撒五谷之罪、不孝之罪、负恩负德之罪。科仪本身具有立成仪的特性,同时内容又鲜明体现了在地化的特点。