急性髓系白血病潜在关键基因表达谱的生物信息学分析

作者：董谦; 龚娜英; 陈康; 王伟佳^*

来源：检验医学与临床, 2021, 18(13): 1828-1832.

DOI：10.3969/j.issn.1672-9455.2021.13.002

• 急性髓系白血病
• 生物信息学
• 基因本体分析
• 差异表达基因

目的利用GEO数据库通过生物信息学分析方法探讨急性髓系白血病(AML)发病的潜在关键基因和信号通路。方法以"acute myeloid leukemia"为检索关键词在GEO数据库查找符合要求的基因表达微阵列芯片数据,运用R语言Limma程序包进行差异表达基因的筛选,并用DAVID工具对筛选出的基因进行GO富集和KEGG信号通路途径分析,从中选取一些差异有统计学意义的差异表达基因,使用STRING数据库数据处理数据模型构建蛋白质-蛋白质作用网络,通过Cytoscape软件处理蛋白质网络图数据,筛选出核心基因,再进行GO富集和KEGG信号通路途径分析,对核心基因进行注释分析。结果共筛选出269个差异表达基因,其中含192个上调基因,77个下调基因。综合DAVID富集分析的结果,筛选出5个潜在关键基因(GNA11、GNA12、GNAS5、GNAS和PLCB2)。结论 GNA11、GNA12、GNAS5、GNAS和PLCB2差异表达基因可能与AML发病机制密切相关,可为AML的发病机制、肿瘤标志物的筛选提供理论基础。

• 单位
  中山市人民医院; 广东省深圳市人民医院