以农民专业合作社为主的农民合作经济组织是农业科技中介服务机构的一个重要组成部分。但是长期以来,农民专业合作社一直都处于低位运行的状态,难以将农民专业合作社的科技创新优势发挥出来,也就难以实现农业朝现代化、标准化、品质化的方向发展。通过对顺庆区农民专业合作社现状的分析,反映出农民专业合作在运行中存在的人才缺失、科技创新能力不强、科技创新平台建设缓慢等问题,并以问题为导向,从政府、农民专业合作社两个层面提出了解决办法。