段玉裁《说文解字注》多引《玄应音义》之说,至于段氏所据何本,颇有争议。清冯桂芬认为段氏所据为抄本,与当时通行本不同,今人余行达则认为是二十五卷的南藏本,实则段氏所据为以顺治十八年本为底本,参考了嘉兴藏本,经过自己校改了的二十六卷本。同时,段玉裁还是清代最早发现并利用《玄应音义》的学者之一。