基于RNA-Seq技术分析不同生物被膜形成能力的临床耐药鲍曼不动杆菌基因表达差异

作者：刘巍巍; 国果; 吴兆颖; 毛成菊; 李忠旬; 贾利娜; 尚小丽; 彭建^*; 吴建伟^*

来源：贵州医科大学学报, 2021, 46(11): 1241-1270.

DOI：10.19367/j.cnki.2096-8388.2021.11.001

• 细菌
• 耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌
• 生物被膜形成能力
• 菌毛
• 外膜蛋白
• 信号通路
• 差异表达基因

目的了解不同生物被膜形成能力的临床分离耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌菌株(CRAB)基因表达的差异。方法选取8株临床分离CRAB,将生物被膜形成能力强的菌株4、55、78、117号作为强生物被膜(BF)组,将生物被膜形成能力弱的菌株13、177、191、196号作为弱生物被膜(WBF)组,培养两组菌株形成生物被膜,分别提取RNA进行文库构建和转录组测序(RNA-Seq),以鲍曼不动杆菌AB030(NZCP009257.1)的基因组作为参考基因组对测序数据进行分析,鉴定差异表达基因(DEGs),并进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,选取8个DEGs利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证转录组测序结果。结果 RNA样品完整无污染,测序数据错误率为0.03%;BF组与WBF组相比,鉴定到171个DEGs,其中106条基因为上调表达,65条基因为下调表达;这些基因主要涉及DNA结合、膜蛋白、菌毛调控、ATP的合成和分解等;GO分析显示较多基因被注释到生物过程部分,KEGG分析显示DEGs富集到多种物质代谢途径;选取的8个DEGs利用qRT-PCR进行验证,结果与转录组测序结果趋势一致。结论不同生物被膜形成能力的临床CRAB的基因表达存在差异,多基因和多条信号通路影响生物被膜的形成。

• 单位
  贵州医科大学; 基础医学院; 生物工程学院