tau蛋白在PS19转基因小鼠中诱导异常的选择性剪切变化

作者：田学文; 陈婵; 王雄^*

来源：四川大学学报（医学版）, 2023, 54(05): 874-883.

• tau蛋白病
• P301S
• 选择性剪切
• 外显子跳跃
• 突触

目的 通过大数据分析6月龄PS19小鼠体内异常选择性剪切（AS）事件是否在tau P301S诱导的神经退行性表型之前出现。方法 采用axel从ENA数据库下载GSE182170数据集原始测序文件，通过STAR软件与ENSEMBL数据库参考基因组进行比对，rMATS和rmats2sashimiplot R包进行常见AS事件分析和结果可视化展示。RSEM软件进行基因转录本定量，Deseq2、edgeR、limma R包进行差异分析，采用clusterProfiler R包对差异基因进行GO富集分析。String和Cytoscape软件用来进行蛋白质间相互作用分析。采用ggcorrplt R包进行基因表达相关性分析。PCR结合琼脂糖电泳验证AS事件。结果 通过rMATS鉴定出了8 079个AS事件，并最终筛选出117个显著AS事件（ΔPSI>0.1，测序覆盖度>1）。外显子跳跃（SE）是最常见的AS事件（50.43%），其次是外显子3’端可变剪切（A3SS）和外显子互斥（MXE）。GO富集分析发现，突触组织基因发生异常SE事件，而剪切体基因主要发生异常A3SS事件。蛋白相互作用和相关性分析发现Snrpn剪切因子与最多数量的转录本表达显著相关。琼脂糖电泳证实PS19小鼠中Lrp8基因的异常AS事件。结论 异常的剪切因子可能参与了tau P301S引起的异常AS改变。本研究扩展了tau蛋白病中tau蛋白循环和剪切因子的知识。

• 单位
  华中科技大学同济医学院附属同济医院; 深圳市宝安区人民医院