利用二代测序技术在不明原因发热的血液样本中检测到人细环病毒

作者：张益; 芜为; 王佶; 申辛欣; 何小周; 杨梦婕; 马学军

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2018, 32(02): 145-149.

• 不明原因发热
• 二代测序
• 宏基因组
• 人细环病毒

目的阐明不明原因发热(fever of unknown origin,FUO)的血液样本中用常规方法难以检测到的潜在病原。方法利用二代测序技术序列非依赖的特性对病原核酸进行随机捕获,随后采用多重链置换扩增(multiple displacement amplification,MDA)方法进行富集。在得到测序结果后,进行宏基因组数据分析,构建进化树,最终实现对未知病原的鉴定。结果对10份不明原因发热的血液样本进行宏基因组二代测序分析时未发现引起发热的常见病原体序列,但发现了大量人细环病毒(Torque teno Virus,TTV)存在的现象。将所有相关测序读长进行组装拼接,并计算得到的一致性序列在匹配的参考序列上的基因组覆盖度。在对组装出的置信序列进行进化分析后,发现其分属于αTTV、βTTV和γTTV三个属。结论对本研究中发现的TTV的基因组特征、进化特征以及作为免疫水平评估的意义进行了分析。而对于本研究中只检测出三个属的TTV的现象,可能是因为TTV具有潜在的病原性以及感染性疾病所导致的宿主免疫水平低下,也有可能是由于其他非感染性病因导致的宿主免疫水平降低所导致。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 中心实验室