辨证论治是中医诊治疾病的精髓，在临床运用广泛并行之有效，但其具体作用靶点及机制尚不够明朗。研究表明肠道菌群与多种疾病的发生、发展关系密切，不同疾病、证型间肠道菌群存在差异，中医药可通过作用于相关肠道菌群而起到治疗不同病证的作用。中医辨证论治的生物学基础可能与证型间肠道菌群差异及中药对肠道菌群的调节有关。因此，深入研究临床病证肠道菌群的特征与差异、中医药对肠道菌群的影响对探讨中医辨证论治的生物学基础意义重大。
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