基于分子指纹的中药化合物数据库的层次聚类分析(英文)

作者：彭涛; 孙连英; 周家驹

来源：计算机与应用化学, 2013, (06): 575-581.

• 层次聚类
• TCM
• 分子指纹
• 虚拟筛选
• Ward方法
• Tanimoto系数 hierarchical clustering
• traditional Chinese medicine
• molecular fingerprint
• virtual screening
• ward' method
• tanimoto coefficient

作为高通量筛选的一种有效方法,虚拟筛选得到了越来越广泛的应用。当靶分子结构未知时,往往使用基于配体的虚拟筛选方法。在基于配体的虚拟筛选方法中,相似性方法起着非常重要的作用。基于中药有效成分化合物数据库,进行了层次凝聚聚类分析。在化学信息系统中,有许多的距离/相似性度量方法和相似性系数。在化学结构的表示和特征选择方面,使用了广泛使用的Daylight分子指纹。采用CDK项目来计算基于Daylight分子指纹的Tanimoto系数作为分子相似性度量方法。对TCM数据库进行了层次凝聚聚类分析,并在聚类之前应用了化学结构领域知识来进行待聚类数据的预处理。在层次聚类时,设定了0.75作为聚类的相似度阈值...

• 单位
  生化工程国家重点实验室; 北京联合大学; 中国科学院过程工程研究所