小串链霉菌XG40全基因组测序及序列分析

作者：赖宝春; 戴瑞卿; 曾天宝; 陈淑妹; 姚锦爱^*

来源：热带作物学报, 2023, 44(09): 1754-1765.

• 小串链霉菌
• 全因组测序
• 次级代谢合成基因簇
• 比较基因组分析

小串链霉菌（Streptomyces catenulae）XG40是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌。本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台，对小串链霉菌XG40进行全基因组测序和分析，共获得3个contigs，包含1个染色体DNA和2个质粒DNA，其基因组全长为9 772 324 bp,GC含量为70.58%，蛋白编码基因8074个，占整个基因组的96.41%。利用antiSMASH软件，预测到46个次级代谢产物合成基因簇，其中包含聚酮合成酶（PKS）和非核糖体肽合成酶（NRPS）的基因簇共有24个，占总基因簇数量的52.17%。有7个基因簇与已知基因簇（desferrioxamin B、pristinol、Neoantimyci、2-methylisoborneol、nigericin、ectoine、geosmin）的相似性为100%,4个基因簇与已知基因簇（miharamycin A/B、SW-163C/E/F/G/UK-63598、gilvocarcin V、coelibactin）的相似性在80%以上，比较分析发现该菌株具备一定的合成尼日菌素和褐黄癌菌素V等抗菌物质的能力。共线性分析表明XG40与根霉链霉菌（S.rhizosphaericus）DSM41760、马来西亚链霉菌（S.malaysiensis）DSM14702、黑孢链霉菌（S.melanosporofaciens）DSM 40318和（S. himastatinicus）ATCC 53653四株链霉基因组之间存在插入和缺失、倒位、易位等基因组重排事件。该研究结果为深入挖掘XG40生防潜力，开发可用于农业生物防治的次级代谢产物提供理论基础。

• 单位
  福建省农业科学院植物保护研究所