凡纳滨对虾育种基础群体收获体重的未知亲本组效应分析

作者：陈美佳; 孔杰; 谭建; 罗坤; 孟宪红; 卢霞; 隋娟; 代平; 陈宝龙; 曹宝祥; 陈国良; 栾生^*

来源：中国水产科学, 2021, 28(07): 863-870.

• 凡纳滨对虾
• 生长
• 未知亲本组效应
• 遗传参数
• 单步基因组评估

由于凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)属国外引进种,国内引进群体间(内)的亲缘关系及其遗传背景不清楚。为分析凡纳滨对虾基础群体中这些未知亲本组(unknown parent group,UPG)的效应,本研究收集生长速度和养殖存活率差异较大的3个凡纳滨对虾群体作为奠基者群体,通过双列杂交方法构建育种基础群体,利用pBLUP(best linear unbiased prediction based on pedigree)、包含遗传组的 pBLUP-GG (pBLUP with genetic groups),ssGBLUP(single step genomic BLUP)和包含 Metafounders 的 ssGBLUP-MF (ssGBLUP with Metafounders)等 4 种模型,对比分析UPG对基础群体收获体重遗传参数和育种值估计值的影响。结果显示,利用pBLUP模型获得的加性遗传方差(22.58±4.39)和遗传力(0.91±0.10)最高,与之相比,pBLUP-GG、ssGBLUP、ssGBLUP-MF模型获得的加性遗传方差降低了 16.25%～61.20%,遗传力降低了 15.38%～46.15%。5折交叉验证结果表明:pBLUP模型的预测准确性最低(0.64～0.68),与之相比,其他3种模型的预测准确性高7.25%～10.53%;pBLUP模型的预测偏差较大(1.06～1.19),其他3种模型的预测偏差降低了 2.83%～7.56%。综上所述,与pBLUP模型相比,在模型中考虑UPG效应可避免基础群体收获体重加性遗传方差组分被高估,且进一步提高了 EBV (GEBV)的预测准确性。本研究旨在为准确评估凡纳滨对虾育种基础群体的遗传参数提供可借鉴的遗传评估模型和方法。

• 单位
  中国水产科学研究院黄海水产研究所; 上海海洋大学; 中国科学院烟台海岸带研究所; 生命学院