本发明公开了一种蜈蚣藻多糖-纳米硒的制备方法及其应用,属于功能化纳米硒技术领域,该方法将蜈蚣藻多糖溶液与亚硒酸钠溶液混合,向混合液中滴加抗坏血酸溶液,超声反应即可得到纳米硒;本发明将硒制备到纳米级别,得到的纳米硒具有很高的生物活性和生物利用率。纳米硒会比传统硒产品更低毒,为开发补硒产品的上提供了新思路与新发展。将多糖与纳米硒结合,保留纳米载体的给药优点,又保留模板活性。多糖-纳米硒成为制备食品或者医疗纳米硒的新方法。