基于简化基因组测序的黄色波尔山羊公羊亲缘关系及近交系数分析

作者：兰蓉; 朱兰; 江炎庭; 欧阳依娜; 邵庆勇^*

来源：中国畜牧兽医, 2021, 48(08): 2878-2888.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2021.08.020

• 黄色波尔山羊公羊
• 简化基因组测序
• 长纯合片段
• 基因组近交系数
• 亲缘系数

为提高云南黄山羊新品种培育的育种效率和遗传进展,准确度量育种素材波尔山羊黄色群体的近交程度及亲缘关系是一个有效途径。本研究采用简化基因组测序(GBS)技术对来自云南省种羊推广中心的37只黄色波尔山羊公羊进行测序,通过质控获取高质量高密度SNP变异信息,并使用Gmatrix v2、Plink v1.90、MegaX v10.0等软件进行主成分分析(PCA)、状态同源距离计算(identity by state, IBS)、基因型亲缘关系G矩阵构建、亲缘系数计算、NJ聚类分析和基因组近交系数计算。结果显示,在37只黄色公羊中检测出位于29条常染色体上的高质量SNPs位点88 393个,共检测出长纯合片段(ROH)1 537条,大小在1 000.582～18 400.12 kb之间,平均每条ROH长2 576.34 kb,平均含有93.15个SNPs; 37只黄色公羊被分为11个家系,其中3个家系仅各有1只黄色公羊,家系A与K亲缘关系最远;基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.043,其中3只黄色公羊的基因组近交系数>0.125,存在较多的近交积累。本研究结果为波尔山羊黄色群体在云南黄山羊新品种培育中的合理利用提供了科学依据,也为评估山羊个体近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供了有力的技术手段。

• 单位
  云南省畜牧兽医科学院