本文针对科技型中小企业创新效果较差的现状,从促进有效创新的创新链和资金链协同的角度出发,构建科技型中小企业有效创新复合系统协同度模型和指标体系,运用我国2011-2018年的科技型中小企业创新相关数据开展实证分析。结果表明,2012-2018年我国科技型中小企业有效创新复合系统发展水平普遍较低,虽呈波动上升趋势,但只是从不协同成长为低度协同状态,科技型中小企业有效创新的创新链和资金链协同发展水平仍然较低,且缺乏稳定性。据此,提出对策建议。