不同休眠时期珠芽魔芋球茎转录组SSR和SNP位点信息分析

作者：王天喜; 王蕊嘉; 张利娜; 谢雨琪; 郑莉; 张达; 吴学尉

来源：分子植物育种, 2021, 1-13.

• 珠芽魔芋
• 休眠时期
• 转录组
• SSR
• SNP

为了解珠芽魔芋球茎转录组中SSR以及SNP的具体情况，对珠芽魔芋不同休眠时期（休眠期， 萌动期， 萌芽期）的球茎进行转录组测序，利用MISA和Varscan程序对测序得到的Unigene进行分析，筛选并识别出SSR和SNP位点。结果显示，从珠芽魔芋292 086条Unigene中发现52 324个SSR位点和807 836个SNP位点，SSR位点的出现频率为17.91%；单核苷酸（33.97%）、二核苷酸（47.83%）和三核苷酸（16.77%）重复占比较高，6～11次的重复占65.71%；重复基元共130种，其中二核苷酸重复基元AG/CT是优势重复基元类型，占总SSR的30.64%；基元长度在10～20 bp 的SSR占80.33%；SNP变换类型中转换（523 617个）远高于颠换（284 219个）。本研究从珠芽魔芋球茎转录组测序结果中挖掘到大量的SSR和SNP位点，为珠芽魔芋的球茎休眠及解除、分子辅助育种等提供一定的科学数据。

• 单位
  云南大学