DNA池快速筛查中国荷斯坦牛TLR1~TLR6基因SNPs及等位基因频率估算

作者:张丽*; 刘丽霞; 任稳稳; 马博妍; 李宏旭; 高成宏; 曹忻; 臧荣鑫; 杨具田
来源:基因组学与应用生物学, 2020, 39(07): 2955-2963.
DOI:10.13417/j.gab.039.002955

摘要

Toll样受体(Toll-like receptor,TLRs)是固有免疫系统的重要组成成分,在免疫防御、炎症反应等方面发挥重要的作用,并与乳腺炎抗性显著相关。为筛选出对荷斯坦牛乳腺炎有显著影响的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位好点,本研究以中国荷斯坦牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序法对荷斯坦牛TLR1~TLR6基因进行SNPs检测。结果表明,在扩增片段处共发现22个SNPs,其中C1451T-TLR1、A1475C-TLR1、G1550A-TLR1、T189G-TLR2、C1632T-TLR7、T1515C-TLR6、G1578A-TLR6,T1620C-TLR6、A1644C-TLT6和G1719A-TLR6为同义突变;A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、A1461G-TLR1、G1596A-TLR1、G455A-TLR2、G602A-TLR2、A631G-TLR2、G640A-TLR6、C1577T-TLR6、G1630A-TLR6为错义突变,导致11个氨基酸发生改变;SNPs突变前后等位基因频率均有明显差异。DNA池结合直接测序技术可快速筛选SNPs位点,检测到TLR1~TLR6基因22个SNPs,可作为荷斯坦奶牛乳腺炎的遗传标记进行深入研究。

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