影响肝细胞癌5年生存期的关键基因分析

作者：李树强^*

来源：中国医科大学学报, 2020, 49(10): 949-953.

• 肝细胞癌
• 差异表达基因
• 癌症基因组图谱

目的识别与肝细胞癌(HCC) 5年生存期相关的关键基因并探讨其作用机制。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取HCC基因转录组数据信息及临床表型信息,利用R语言中edgeR包将该转录组数据进行标准化,筛选log FC绝对值>2,FDR<0.01的基因作为表达差异基因,并应用DAVID进行功能和通路富集分析,构建蛋白-蛋白互作网络(PPI),选择PPI连接度(degree)≥8且排名前10位的基因为候选关键基因,最后绘制Kaplan-Meier生存曲线锁定关键基因。结果共得到383个与HCC 5年生存期相关的差异表达基因,通过PPI筛选出10个候选关键基因,进行Kaplan-Meier生存分析,最终确定了8个与HCC 5年生存期密切相关的关键基因,包括GCG、PTH、HTR5A、CRH、CRHR1、CALCA、ADCY2和GAST。结论上述关键基因主要参与神经内分泌调节,与HCC相关的研究鲜有报道,为今后提供新的研究方向。

• 单位
  中国医科大学附属盛京医院