黑麦(Secale cereale L.)为小麦(Triticum aeistvum L.)三级基因源,是小麦改良育种中重要的遗传资源。分子标记作为鉴定外源遗传物质的有效手段,在小麦×黑麦杂交及黑麦、小黑麦品种培育中被广泛应用。本研究对黑麦特异性分子标记的开发,以及分子标记在黑麦遗传图谱构建、遗传多样性分析、优异基因发掘鉴定等方面的应用进行了综述,旨在为黑麦特异分子标记在小麦×黑麦分子辅助育种中的应用提供依据,为高效利用黑麦优异资源提供基础。