非法收购、运输、出售珍贵、濒危野生动物及其制品罪在主观方面、客观行为、物证同一性和鉴定资质等方面存在证明困难。主观方面,检察机关可以引导侦查机关多方面搜集间接证据,形成证据链。客观行为方面,检察官需要运用证明方法将犯罪过程用证据加以固定。物证同一方面,现场勘查时需要按照标准程序进行,野生动物物证的提取、包装及保存,必须保证检材纯洁性。鉴定资质方面,野生动植物鉴定一般在森林公安鉴定中心进行,公安机关内部鉴定机构目前仍由公安机关自行审核管理并向社会公布。