为加强区域水资源保护,在对南通市的河流水系及水环境现状进行调研分析的基础上,本文对南通市水功能区历年水质达标情况及污染因子进行了简要分析,并针对区域水环境现状问题存在的成因进行了详细的分析。提出了具体的加强区域水环境综合治理的对策措施,对于全面改善区域水环境质量,不断提高南通市的水生态文明建设水平具有重要的意义。